Þarmaflóran, einnig nefnd meltingarflóra, samanstendur af trilljónum örvera sem lifa í meltingarveginum og hefur að geyma að minnsta kosti eitt þúsund ólíkar tegundir baktería. Þessar bakteríur búa yfir ríflega þremur miljónum gena sem eru hundrað og fimmtíu sinnum fleiri en okkar eigin gen. Þarmaflóran vegur um tvö kíló í meðal einstaklingi. Einn þriðji þessara baktería er svipaður í okkur öllum en tveir þriðju eru sérsniðnir að hverjum og einum. Það má því segja að þarmaflóran okkar sé einskonar auðkenni.

Mikilvægt hlutverk þarmaflórunnar er að viðhalda heilbrigði meltingarvegar og verja okkur gegn öðrum óvelkomnum örverum sem geta valdið sýkingum og öðrum vandamálum.

Í raun skipar þarmaflóran mikilvægt hlutverk í ónæmiskerfi okkar með því að vera ákveðin hindrun eða tálmi fyrir þær óæskilegu örverur sem komast í meltingarveginn. Flóran hindrar fjölgun þessara örvera og varnar því að þær komist úr meltingarveginum út í líkamann. Nýjustu rannsóknir benda til þess að fjölbreytileiki og fjölhæfni þarmaflórunnar jafnist á við heilt líffæri. En þetta líffæri er “áunnið” ef svo má að orði komast, þar sem við fæðumst nánast án þarmaflóru. Fóstur í móðurkviði er líklega án þarmaflóru, en strax í fæðingunni fær það töluverðan fjölda baktería í sig og á, sem síðan búa um sig meðal annars í meltingarveginum til frambúðar.

Þessar bakteríur þurfa góða næringu til að vaxa og dafna. Það besta sem nýfætt barn getur fengið er broddmjólk frá móður og í kjölfarið brjóstamjólk. Broddmjólkin er afar næringarrík, rík af ónæmis- og vaxtaþáttum sem efla varnir barnsins ásamt þeim örverum sem hafa tekið sér bólfestu í meltingarvegi þess. Broddmjólk ásamt brjóstamjólk er rík af svokölluðu gerlafæði (e. prebiotics) sem meltist ekki né frásogast og nýtist því þarmaflórunni fullkomlega.

Þarmaflóran er í stöðugri þróun í meltingarveginum alla ævi, frá fæðingu fram á okkar síðasta dag. Ólíkir umhverfisþættir hafa áhrif á þessa þróun. Rannsóknir sýna að þarmaflóra hjá ungu fólki er nokkuð frábrugðin þarmaflóru hjá öldruðum einstaklingum. Samsetning þarmaflórunnar getur riðlast eða skaðast. Ástæður geta verið margar, t.d. bólgusjúkdómar í þörmum, ýmis ofnæmi, offita, eða sykursýki. Einnig getur notkun ákveðinna lyfja, sér í lagi sýklalyfja, skaðað samsetningu flórunnar. Rannsóknir sýna að góðgerlar til inntöku í bætiefnaformi ásamt og ákveðnum þáttum í fæðunni, gjarnan nefnt gerlafæði, sem meltast hvorki né frásogast geti eflt og byggt upp heilbrigða þarmaflóru.