Þarmaflóran gegnir lykilhlutverki í mannslíkamanum. Hún samanstendur af örverum og framleiðir meðal annars orku, amínósýrur, B og K vítamín og stuttkeðju fitusýrur. Einnig hjálpar hún við upptöku á vítamínum og steinefnum, þjálfar ónæmiskerfið og eflir með því að keppa við sýkla um pláss. Þarmaflóran vegur um það bil jafn mikið og heilinn okkar og rannsóknir hafa leitt í ljós að þarmaflóran er jafn mikilvæg heilbrigðri líkamsstarfsemi og hvert annað líffæri.

Þarmaflóran þroskast stöðugt alla ævi. Við vitum að meðganga móður er mikilvægur tími fyrir bæði móður og barn. Meðgangan hefur til dæmis áhrif á þarmaflóru móðurinnar. Talið var að fóstur fengi örverur í móðurkviði bæði gegnum naflastreng og fylgju en nýjustu rannsóknir sýna að svo sé ekki. Í fæðingu fær barnið „stóru örveruinngjöfina“ þegar það gleypir örverur sem lifa í fæðingarvegi móður. Ef barn fæðist hins vegar með keisaraskurði þá fer það á mis við þessa örveruinngjöf. Fyrstu örverurnar koma þá af húð móður og úr umhverfinu. Þessar örverur eru ekki endilega hagstæðar heilsunni og geta haft þær afleiðingar að gera barnið útsettara fyrir ofnæmum, astma eða exemi, eins og rannsóknir benda til. Einnig hafa rannsóknir sýnt fram á auknar líkur á glútenóþoli eða selíak-sjúkdómi (e. celiac disease) hjá börnum sem tekin eru með keisara.

Eftir fæðingu skiptir máli hvort barnið fær brjóst eða þurrmjólk. Í brjóstamjólk eru fjölmörg mikilvæg efni sem efla þarmaflóruna, svo sem fásykrur og örverur frá meltingarvegi móður, til viðbótar við önnur næringarefni, ónæmis- og vaxtarþætti sem brjóstamjólkin inniheldur. Rannsóknir sýna mun á örverusamsetningu í þarmaflóru barna sem fá brjóstamjólk og barna sem fá þurrmjólk. Börn sem eru höfð á brjósti hafa hærra hlutfall af Bacteroidetes en lægra hlutfall af Firmicutes, en þær síðarnefndu hafa verið tengdar við auknar líkur á ofþyngd.

Fyrstu örverurnar sem hreiðra um sig í meltingarveginum mynda þarmaflóruna, sem verður síðan grunnur að ónæmiskerfi okkar. Á fyrstu æviárunum nær þessi þarmaflóra ákveðnum stöðugleika sem helst að hluta til út lífið. Þess vegna skiptir gríðarlega miklu máli að taka inn góðgerla og gerlanæringu til að efla og styðja við þarmaflóruna. Það er sérstaklega mikilvægt þeim sem komu í heiminn með keisaraskurði og/eða fengu ekki brjóstamjólk sem ungabörn.

Það er mjög margt sem hefur áhrif á þarmaflóruna okkar frá degi til dags. Mataræði hefur mikið að segja. Vandað og næringarríkt fæði skilar sér í heilbrigðari þarmaflóru og hefur jákvæð áhrif á heilsuna. Mögulega fyrir lífstíð. En auðvitað kemur fleira til, svo sem lyfjagjafir og álag. Lyf geta haft margþætt áhrif á þarmaflóruna og ef barn er á brjósti geta sum lyf sem móðir þarf að taka haft áhrif á þarmaflóru barnsins. Ef barn þarf að taka inn sýklalyf getur það sömuleiðis haft gríðarleg áhrif á þarmaflóruna, sérstaklega í endurteknum tilvikum. Rannsóknir sýna að slík röskun á þarmaflórunni getur haft áhrif til frambúðar, áhrif sem jafnvel koma ekki í ljós fyrr en seinna á lífsleiðinni. Eitt af því sem hefur verið rannsakað eru tengsl sýklalyfjanotkunar og líkamsþyngdar. Rannsóknir sýna okkur að börn sem hafa fengið mikið af sýklalyfjum eru líklegri til að verða of þung, jafnvel síðar á lífsleiðinni. Sama á við ef móðir hefur þurft að taka inn mikið af sýklalyfjum fyrir eða á meðgöngu og brjóstagjöf.

Þarmaflóran hefur áhrif á meltingarveginn og meltinguna sjálfa, en einnig á taugakerfi okkar, ónæmiskerfið, innkirtlakerfið og hormónakerfið. Þannig er auðvelt að draga þá ályktun að þarmaflóran hafi áhrif á hvernig okkur líður. Margar vandaðar rannsóknir hafa verið gerðar á hlutverki þarmaflórunnar í heilbrigðri líkamsstarfsemi og um það hefur verið fjallað í fjölda ritrýndra vísindagreina.

Mikilvægt er að hafa í huga að þarmaflóran jafnast á við heilt líffæri, en munurinn er sá að við ráðum miklu um hvernig hún er samsett. Við erum með hagstæðar og óhagstæðar örverur í bland, sem er eðlilegt, en við viljum halda hagstæðum örverum í meirihluta. Þær framleiða ýmis efni fyrir okkur og umbreyta öðrum, sem mörg hafa jákvæð áhrif á heilsuna. Góð regla er að velja fæði sem eflir örverurnar okkar. Við erum nefnilega ekki bara að borða fyrir okkur sjálf, heldur líka þarmaflóruna.

Ef þarmaflóran er í ójafnvægi til lengri tíma getur það haft neikvæðar afleiðingar, bæði á meltingarveginn sjálfan en einnig utan hans (e. systemic). Slæm eða óhagstæð samsetning þarmaflórunnar hefur áhrif á gegndræpi smáþarma og getur haft áhrif á efnaskipti, blóðsykur, blóðfitu og blóðþrýsting. Einnig getur aukið gegndræpi smáþarma aukið líkur á að ýmsir þættir ræsi ónæmiskerfið, en það getur leitt af sér langvinnar bólgur og haft áhrif á heila og taugakerfi.

Birtingarmyndin getur verið bæði líkamleg og/eða andleg. Rannsóknir sýna að ójafnægi á samsetningu þarmaflóru er algengara meðal einstaklinga sem greindir eru með geðraskanir. Langvarandi ójafnvægi á samsetningu þarmaflórunnar getur til dæmis aukið líkur á kvíða og depurð.  Vísindamenn hafa einnig tengt riðlað jafnvægi í þarmaflóru og aukið gegndræpi smáþarma við ýmsa aðra sjúkdóma.